Основными видами деятельности МОНИИСЭ  являются:

Производство судебных экспертиз по уголовным, гражданским, арбитражным делам и по делам об административных правонарушениях, назначенных судебными органами или органами предварительного следствия (СК РФ, МВД РФ, ТС РФ, ФСИН РФ, ФССП).
Производство экспертных исследований в целях обеспечения дальнейшего обращения в суд или в целях предоставления консультации.
Медиация с целью примирения сторон, в том числе с использованием результатов экспертных исследований, выполненных с согласия спорящих сторон.